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途，原本对郑克臧不服帖的原郑军各大军头已经不复存在了，所以郑克臧得以进行下一阶段的军事改革。
永历三十七年十一月初一，郑克臧正式下令将郑军原来各镇的名号统统取消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对童子军的体制进行改良，以此重新组建了左右武卫、左右虎卫、左右勇卫等六师。
所谓“师”，并非郑克臧依据方明的记忆在杜撰一个编制，要知道在《易经?师卦注》中有“多以军为名，次以师为名，少以旅为名”一说，《疏》中也有“春秋之时，虽累万之众，皆称师”的注释，《周礼?地官?小司徒》中有“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师”的明确编制，东汉许慎在《说文》更明确指出“师，二千五百人为师”。
当然郑克臧的编制要略大一些，他以一个师辖三个团，每个团辖六个哨。说到“团”，其实就原来的标，早在西魏、北周时，当时的军队就以“团”作为一级组织，不过当时并没有明确的标准说一团应该有多少兵马，到了隋代，曾以一百人为一队，步兵二十队为一团，骑兵十队为团，而唐朝府兵制度中每团的兵力被明确为三百人，郑克臧的团则相对接近隋制。至于“哨”则是原来的“营”，唐制营通常辖两到三个团，为了不让人误会上下级之间的关系，因此郑克臧才特意把“营”换成了“哨”。
新的编制表里哨的建制基本不便，每哨下辖五十人的刀盾、火铳、长矛各一队，另外还有直属的辎兵班、令兵组各一，正六品承信校尉衔的哨官、从六品忠显校尉衔的副哨官、正七品忠武校尉衔的哨参军、从七品护军校尉衔的哨监察各一员，此外还有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合计一百八十人。
一团六哨，其中四哨是战斗兵，另外两哨分别是炮军哨和辎兵哨。炮军每哨装备三寸炮三门，二寸炮六门，火力比原来“标”一级中只有三门二寸炮要强了数倍。除了这六哨之外，每团还有令兵一班，正四品飞骑尉衔的团统制、从四品云骑尉衔的团副统制、正五品武骑尉衔的团参军长各一员，正六品承信校尉衔至从七品护军校尉衔的团参军若干员，从五品昭信校尉衔及从六品忠显校尉衔的团监军各一员，再加上团旗护卫班、团中军医郎中等，全团共计官兵一千一百二十员。
每师除了上述三团以外，还有直属的骑军哨、三寸半（12磅）炮军哨、辎兵哨以及配置板甲或瘊子甲的跳荡哨及中垒（工兵）各一哨，再加上正二品副将军衔的师都统制、从二品轻车都尉的师副都统制、正三品骑都尉衔的师总参军、从三品骁骑尉衔的师总监军各一员，正四品飞骑尉衔至正六品承信校尉衔的师参军若干员，从四品云骑尉衔至从五品昭信校尉衔的监军协理、断事官若干员，师传令中军一队、探马队、师旗队等在内，全师共计四千二百人。不过由于明郑的人力不足，因此各师、团、哨中的缁兵、中垒及部分炮手等都由黑奴充当，由此每师中汉兵二千八百人，奴军一千四百人。
郑军陆师在战前共有各卫镇一万五千人、童子军两镇四千二百人、地方汛兵三千余。东宁战后，三者的总数下降到了一万八千人。其中部分伤者可以重返部队，但大多数却只能回家耕种，所以郑克臧将跟随林贤在蚶西港投降的普通清军打散后重新编入，不过饶是如此，郑克臧还是只能先编出六个师和二千驻屯汛兵。
除了上述部队以外，郑克臧还抽调出一千人的兵力组建了安平留守司，统一管理大员及北汕尾岛上的两处重炮要塞及其守备，并将原来八十人的安平城侍卫队伍扩大到了二百人，至于安平城的守备任务，在銮仪卫镇取消之后则由各师依次轮戍。
作为郑克臧全面掌握郑军的象征，参军司改名为参军院，地位升格为与政事堂并列，定西伯吴淑被任命为了总章参军事，还在养伤林升以及原中提督、翦虏伯洪拱柱受命成为同佥总章参军事，以上三人将协助郑克臧指挥军令。
而作为童子军系统掌握郑军的标志，孙有劳、何乾、毛洪言三人分别就任左虎卫、左武卫、右勇卫三师师统制，古晋、乐珉越、陈乐、汤保意等童子军各协的协统则分别升任了右虎卫、右武卫、左勇卫三师副都统制和安平留守司留守，林康、洪辉、安龙、叶钊等甲寅期的童子军或晋升各师参军、各团参军长或成为师团监军或个别出类拔萃的还晋升各团副统制、实权哨官，就连一部分乙卯生也成长为了各哨的哨官、副哨官