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式结束长达290年的历史。
清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年(1645年)，改称銮仪卫。清朝的锦衣卫仅存在一年。
洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、虐待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑具，废除了他们的这项职能。明成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加强。他设置了北镇抚司，专理“诏狱“，可以直接逮捕和拷问犯人，刑部、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。明宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。
负责侦察、缉捕的锦衣卫官校称为“缇骑“。由于权力缺乏限制，他们为了邀功请赏而罗织罪名，不择手段地扩大牵连范围，制造的冤假错案不胜枚举。
另外，锦衣卫拥有特权，无形中令他们可胡作非为、贪赃枉法而又得到了皇帝的“屏障“保护，造成了社会的混乱不堪。所以说，明之亡于厂卫，是间接引起明朝灭亡的原因之一。
锦衣卫，全称锦衣卫亲军指挥使司，是明代极为重要的军事单位。早在明朝建立之前，身为吴王的朱元璋设立了拱卫司，后改称亲军都尉府，统辖仪鸾司，掌管皇帝的仪仗和侍卫。洪武十五年(1382年)，撤除了亲军都尉府与仪鸾司，取而代之设置了锦衣卫。它既担负了亲军都尉府的侍卫之职，又继承了仪鸾司掌管卤簿仪仗的任务。可见锦衣卫在设立之初所扮演的角色是皇帝的仪仗队和贴身卫队。
锦衣卫建立之时，卫所制度已经确立。明朝的军队组织分为卫、所两级，较小的据点设所，形势险要而又关联几个据点的地域设卫，所统辖于卫。全国的军队都编在卫所之内。地方卫所军由当地最高军事机构都指挥使司管辖，都指挥使司又分隶于京师的五军都督府;此外，还有一部分卫所由皇帝直接统率，叫作亲军，又称上直卫，是专门负责拱卫宫廷和皇城的禁军。锦衣卫就是亲军中的一卫，与其他亲军相比，它与皇帝的关系最密切，权势也最重。
由于地位高贵，锦衣卫衙门不像其他亲军衙门那样散落在京城的坊巷中，而是靠近皇城的正门承天门，在千步廊西侧，毗邻五军都督府，与东侧的六部隔街相望，位于明代核心权力机构的驻地。
一般的卫只统辖5个所，定额5600人，而锦衣卫却辖有17个所，在籍人数一度超过6万。一般卫所统领的士兵统称为“军卒“，而锦衣卫统领的士兵则有“校尉“、“力士“和“大汉将军“等诸多名号。一般卫的首领指挥使为正三品官，职务世袭，而锦衣卫指挥使由于是皇帝的心腹，往往指派勋臣贵戚或都督一级的大将兼任，官职最高者达到正一品。
除17个所之外，锦衣卫还辖有一个经历司和南北两个镇抚司。经历司掌管收发公文。南镇抚司掌管本卫的刑法事务，兼理军匠;北镇抚司专掌诏狱，从事侦察、逮捕、审问等活动，任何有可能威胁皇权的官吏军民都在他们的侦缉和惩治范围之内，这就使得锦衣卫的权势极大，地位愈发特殊。