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由于几年时间爆发的战乱，进一步削弱了因为始皇帝在位时期的国策激进而导致的人力缺口，张嘉师即使是想要实行哪怕是明朝时期的屯田方式，都可以说是有心无力。
在很多方面而言，明帝国的屯田方式更多是以卫所制度为主。
朱元璋在驱逐元帝国之后，就正式确立起卫所制度在明帝国的大范围实施。
尽管卫所制度并非朱元璋所开创，但是以元帝国的部分程度的实施以及朱元璋自身的相应考虑，毫无疑问的是朱元璋认为卫所制度有着对于初生的明帝国的必要性。
但是毫无疑问的一点，那就是在很多方面而言，卫所制度与其说是一种新的制度，还不如说是其主要是在府兵制这一种已经从历史上消亡的军队征募方式的改良。
朱元璋制定卫所制度的根本是寓军于民，但是从相应记载来看，朱元璋的卫所制度在其死前事实上已经逐渐败坏：
在一开始明代的卫所制，以军屯保证其自给自足，由世袭保证士兵来源，所以封闭、保守是其突出特点。明代大多数卫所，都建立了完备的军屯制度，卫所军士部分守城，部分屯种，要求基本上做到自给自足。
卫所制的这一特点，是与明初特定的历史条件相适应的。多年战乱，使明初出现了大量荒闲土地，政府得以进行土地的再分配，把大量土地直接划归卫所管辖，军屯有充分的保证。“军士屯田是古代中国政府解决军队后勤补给的主要措施。
明初，由于常年战乱的影响，经济凋敝，百废待兴丞需征薄赋行轻徭，与民休息。指望百姓赋税供养庞大军队是不可能的，自养是唯一的办法。为了供养庞大的军队。明朝政府承袭了元代军屯的遗产，并将之扩大化，在全国绝大多数卫所开展屯田，力求实现军粮自给。”但永乐晚期，军屯制度已开始遭到破坏。
宣德以后，卫所官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，已频频发生。甘肃、宁夏可行水灌溉的良田沃土，皆为镇守官及官豪横官旗所占。大同参将曹俭，占应州等处庄田一50余顷，又私役大同诸卫军百余人耕种。结果是贫穷军士，无寸地可耕，妻子冻馁，人不聊生。
卫所是建立在屯田之上的，屯田可谓卫所存在的一个经济基础。如果“军伍销耗，耕者无人，则屯粮不足。又增以客兵，坐食者众，屯粮更为不足。于是益之以民粮，又益之以盐粮，又益之以京运，卫所之制始破坏矣”。
屯田是一种国有土地，随着明代社会发展，由于抛荒、豪强地主霸占、租佃典卖等因素屯田渐渐转为私有，卫所失去了赖以存在的土地，衣食无保证。加之部分军士转而占据耕地，不在作战，也不利卫所的发展。
社会经济的发展，也使卫所制下严格的人身束缚开始松动。明朝卫所军士别立户籍，称军籍。军籍和民籍的区分是极为严格的。军籍属于都督府，民籍属于户部。卫所军士不受普通行政官吏的管辖，在身份、法律和经济地位上都与民不同，军和民截然分开。民户有一丁被垛为军，他的一家便永远充军，住在被指定的卫所。
在卫军士除本身为正军外，其子弟称为余丁或军余，将校的子弟称为舍人。壮丁死亡或老病，便由次丁或余丁替代。如果卫所军士一家已全部死亡，那就必须到原籍勾取族人顶丁。洪武二十一年，为了使卫所军有稳定的数额，开始编造军籍黄册，并规定同赋役黄册一样，每十年编订一次，以防军民户籍的紊乱，军籍世袭，民户一经签派为兵，就永远不能脱籍。军籍成为卫所军士世世代代的枷锁，军士无力挣脱，便以逃亡的方式进行反抗。
从卫所制建立之初，逃亡现象即已存在。朱元璋令天下诸司追捕这些逃亡军士，并于洪武四年，严定罚例，从小旗至千户，以逃亡人数多寡定罚俸降级不等。此后，逃亡人数有增无减。嘉靖8年，桂萼上天下兵籍，仅97万。至胡松考舆地，又止845，480而已。而天下卫所军士的总额，估计在300余万。
有鉴于此，从宣德时期起，明廷每年派出清军御史，分道清理逃军。各卫所也纷纷派人到逃亡军士的原籍勾丁。终明之世，卫所制不废，清勾亦始终举行，但依然是没有用的。很多军士逃走后，在外娶妻生子，住成家业，通同军户，不再返回。
卫所越发军备废弛，“建炎元年知县事绍兴。初建剑盗蜂起，正练兵屯守弓手余招酗酒，曜马入队，队长不能止，正即斩狗部下”。
卫所制的废弛，使军队的战斗力明显下降，甚至难以承担其正常的军事职能。明代军队的建置，在京城及边地安置了大量军队，尤以京军人数众多，装备精良，以期起到居重驭轻的作用，京军的情况便很有代表性。
京营军士78卫，人数不下30万。皇城周围又设置50余卫，军士20余万。京军在全国军事防卫中地位举足轻重。在当时江南军士多用于漕运，江北军士多作为班军，进京操备，致使腹里卫所城池空虚，遇警则力不能支，只能倚靠京军的支援。边军人数虽多，但分路把守，势分力单，一旦有警，亦需京军支持。
京军的居重驭轻的地位并没有保持多久，土木之变，明英宗率50万京军出征，几乎全军覆没。正德时，刘六、刘七起义，威胁京城，京军已无能为力，不得不调边兵入援。到嘉靖时，卫所军出现了一碰即溃的局面，而只能募兵征战了。
京军已因不习战阵，恐伤国威而不轻易派遣了。由此可以看出，当时的卫所制，地位上其实在处于一种下降的趋势。
对卫所制实存的弊端，当时的很多有识之士也有了认识。但扭转这种境况的策略却不甚得力。京营从于谦把三大营变为十团营，此后营制纷更不定，而京营状况并未有多大改善。但在对卫所的被动调整和变革中，有一些值得注意的倾向。如提高将领权力的做法和改银召募的尝... -->>
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